“五四”前北京的新旧之争相当激烈，旧的一方曾以陈独秀私德不检为攻击目标。北大校长蔡元培本在北京组织进德会，对此相当难堪，也甚感难以处理。结果，经与同为浙江籍的汤尔和、沈尹默、马叙伦等在1919年3月26日晚合议，决定不让陈独秀继续担任北大文科学长。[13]而汤尔和、沈尹默等当年恰是促成蔡元培任用陈独秀为北大文科学长之人，始倡终弃，同出斯人，当然不仅是偶然巧合。何以出现这样的变化，牵涉甚宽，既与校外的新旧之争相关联，也涉及校内的大学体制构建，自然也免不了无处不在、永不歇息的人事之争，但又不仅是一般人心目中的权势竞争，而与办学取向的异同相关。
有一点可以明确，废除文理科学长的动议，早在1918年秋天已提出，并形成了大致的意见。但这似乎只是一个意向性的决议，具体怎样贯彻执行，尚未确定，也可以修改。后来校外的新旧之争，对这一决议的实行与否，有直接的关联。但在不谙内情的外人认知中，陈独秀的去职，基本是为新旧之争的大环境所决定。
北大原有文、理、法、工四科，皆既是学科也是机构（稍类今日的学院），加上非学科而为机构的预科，共有五科。蔡元培1917年接受北大校长职务后，就决定实行改革。他要让师生了解，“大学乃研究学术之机关。进大学者，乃为终其身于讲学事业”，以改变视“大学为科举进阶”的习惯认识。其方法即“竭力办理文理两科”，使之完善。因为这两科“乃法、工、农、医诸科原理原则所由出”，而入此两科者，“又大抵为纯粹讲学而来，既不想做官，亦不想办大实业”。[14]最后一点反映出蔡元培观念的时代性，不可忽视——“读书做官”或可说是长期的传统，“读书发财”则是近代兴起的新倾向。