陈独秀南下上海后所发生的一件事，是《新青年》与其长期合作伙伴群益书社决裂，改由“新青年社”独立发行。事情的起因是7卷6号的刊物页数增加很多，书社要提高定价，而陈独秀不同意，终至决裂。此事汪原放在其《回忆亚东图书馆》中曾说到，大体不差。他的叔叔汪孟邹（亚东图书馆老板）当时试图为两边说和，而陈独秀大发脾气，无论怎么说都不能成功。平心而论，大量增加页数而以原价出售，就要亏本，从商人立场确实很难接受。但陈独秀的动怒，也有他的考虑。[72]
陈独秀在1920年5月的三封信里都说及此事，他在7日致胡适、李大钊的信中说，“因为《新青年》六号定价及登告白的事，一日之间我和群益两次冲突。这种商人，既想发横财，又怕风波，实在难与共事”。此后5月11日和19日，又两次致函胡适，表示“我对于群益不满意不是一天了，最近是因为六号报定价，他主张至少非六角不可。经我争持，才定了五角。同时因为怕风潮，又要撤销广告。我自然大发穷气。冲突后他便表示不能接办的态度。我如何能去将就他，那是万万做不到。群益欺负我们的事，十张纸也写不尽”。总之，“群益对于《新青年》的态度，我们自己不能办，他便冷淡倨傲，令人难堪；我们认真自己要办，他又不肯放手”。
从这几封信可知，确如汪原放所说，冲突的起因是加价问题。价格最后虽以妥协了结，但显然已伤了感情。群益书社恐怕还是想要继续合作，不过总以商人的方式讨价还价，难为心直口快的陈独秀所接受。由于早有不满，陈氏也先有考虑。他在4月26日就发出一封给12位《新青年》同人的“公信”，提出第7卷结束后“拟如何办法”，要他们“公同讨论赐复”。陈独秀提出的问题有：一、是否接续出版？二、原定发行合同已满期，“有无应与交涉的事”？可知那时他已启不续约之心。而群益书社要求提价，更助长了陈的不合作情绪。