1920年9月，蔡元培在北大开学时对学生讲话，一改五月间直接的批评，转用勉励和引导的方式说，“一年以来，觉得学生方面近来很有觉悟：把从前硬记讲义、骗文凭的陋见渐渐儿打破了，知道专研学术是学生的天职”。他们“不但有研究学术的兴趣，兼且有服务社会的热诚，这也是可喜的事”。不过他不忘提醒学生，“服务社会的能力，仍是以学问作基础，仍不能不归宿于切实用功”。接着他说出了一个与他所谓学生“精神上的损失”相关的问题，希望学生们在“励行自治”的同时，先要以身作则：“去年以来，尊重人格的观念，固然较从前为发达，然试各自检点，果能毫无愧怍么？”所谓自治，就是“人人能管理自己，同学能互相管理”。只有这样，才可以不像从前那样需要学监、舍监的管理。[47]
这是一种相当温和的提示，即学生如果不想被他人“管理”，就要真能实行“尊重人格”的自治。一个多月后，蔡元培又对北大同学说：“五四”后“大家很热心群众运动、示威运动”。此前的大运动虽有效果，“但这种骤用兴奋剂的时代已过去了，大家应当做脚踏实地的工夫”。接着他再次论及自治问题，“本校学生的自治近来比从前好多了。但是宿舍里、公寓里，也还免不了闹笑话。校外说我们的人很多”。他以学生会里闹意见时往往以揭帖相互攻击为例，指出这些做法有损人格；并主张“我们见了别人的过失，总要用怜爱的意思劝告他，不可骤加攻击”。他尤其希望北大同学能“互相亲爱，厚于责己，薄于责人”。[48]
上面多少还是校长对校内的说话，随后他到湖南发表了一系列的演讲，除两三篇专门涉及美学的演讲外，蔡元培不时把自己对学生的希望化为已经发生的事实，用以诠释北大或北京的学生运动，并借此激励湖南的学生。那一系列演讲基本有两个主题，一是北大学生的注意力在“五四”后已从社会转向校园，正致力于求学；另一个则与他在北大所讲的“自治”接近，即强调自由和民主“不是不守秩序”，学生要能“自己尊重自己”和“自己管理自己”，然后才可减少教职员的管理。而且，学生入学，即等于自动接受了校园既存规则的约束，故对这些规则应有足够的尊重，不宜随意推翻。