大脑是学习的器官，也是人体最重要、最复杂的器官。正如如果我们的肌肉有缺陷就会使我们的运动功能受损一样，大脑的某种缺陷直接导致的就是学习上的困难。通常具有学习障碍的儿童总是在某项学习能力上表现出严重的无能。这种无能是特殊的，人们总是难以从环境的某一对应中找到影响这种能力的直接因素。
我们假定儿童大都成长于正常可预期的环境中，也就是说，在一般的成长过程中，每个儿童都得到了充分的母爱，得到了足够的营养，在精神和物质上大多数儿童都没有受到剥夺。我们可以进一步假定，在通常的家庭中，家长们都重视学习与教育，都在努力为儿童的学习创造条件，几乎没有一个家庭从一开始就是不鼓励儿童努力学习和不断进取的。
可在这种正常可预期的环境中，儿童的学习表现却出现了如此大的分化，这就使心理学家和特殊教育专家倾向于认为，中枢神经系统的缺陷是导致儿童学习障碍的主要原因。不止于此，医学的某些研究和发现也证明了这一假定的合理性。
目前，绝大多数专家都同意中枢神经系统的某种缺陷是学习障碍的直接原因。中枢神经系统包括大脑和脊髓两大部分，主要担任着传导和处理外界输入的感觉信息的功能。任何信息必须先由感觉器官接受，然后再通过脊髓传导到大脑，由大脑进行加工和处理，最后再转化成动作，作用于外界。如果中枢神经系统受损，这一处理信息的功能就会受到妨碍。大脑的全面的功能低下，就表现为智力落后；如果受损的为某一部分，则有可能表现为某种特殊的学习障碍。
★遗传影响
为什么个别人的中枢神经系统会出现某种缺陷呢？遗传是一个原因。有一对双生子来做学习能力检查，智力测验结果表明两人智力发展惊人的相似。为了避免先入为主的偏见，我们请两位教师分别测量了两个孩子，结果两人的智商都是112，而且语言智商都低于操作智商。接下来，我们又给两人分别做视-动统合测试，结果两人在视-动统合方面都存在着一定程度的落后，两人都存在着较为严重的上课注意力不集中、作业粗心马虎的现象。