西学东渐虽然几近中断，但外国人在中国的传教活动始终没有停止过，特别是在中国南方沿海一带。他们为了传教的方便，在当地办起了学校。于是，中国大地上出现了一批教会学校。它们是中国近代教育之肇始。
据史料记载，最早的西式学校是1807年最早来华的英国基督教传教士玛利逊于1818年在马六甲开设的“英华学校”。1835年，玛利逊死后，香港等地教士成立了“玛利逊教育协会”来纪念他。1839年，美国传教士布朗（S.R.Brown）在广州开设了一所小学，但不久就被当地人赶走，迁往澳门开设了一所玛利逊学校。鸦片战争失败，《南京条约》签订后，外国传教士开始大量进入中国，并在中国办学，通过办学传教。最早办的学校有：1844年由英国“东方女子教育协进社”派遣的爱尔德赛（Aldersey）在宁波开设的女子学校；1845年美国长老会在宁波建立的一所学塾（1867年迁往杭州，名为育英书院，后来发展为之江大学）。19世纪下半期，随着美国殖民主义势力的向外扩张，美国教会掀起了一个国外办学的热潮，因而也纷纷到中国来办学。这一时期美国教会创办的学校有：1864年美国长老会传教士狄考文在山东登州开设的文会馆，这可以说是中国大地上出现的第一所中学，此前教会学校都是小学水平；1866年英国浸礼会在青州设立的广德书院，后与文会馆合并为广文书院，设在潍县，到1917年发展为齐鲁大学；1864年美国公理会传教士柏亨利（Henry Blodget）设立育英学堂，1912年改为中学；与此同时，美国圣公会传教士裨治文夫人格兰德开办了贝满女学堂，1895年设中学课程等。教会学校数目急剧增加，根据1877年和1890年在上海举行的两次“在华基督教传教士大会”的报告：1876年，男日校177所，学生2 991人，男寄宿学校31所，学生647人；女日校82所，学生1 307人，女寄宿学校39所，学生794人；传道学校21所，学生236人。学校总数350所，学生总数5 975人。1889年，学生总数达16 836人。[6]十三年间，教会学校学生增加了1.5倍。