在不同的研究领域或针对不同的研究问题，个案研究实施的具体程序有所不同。在临床心理学领域中，个案研究首先要识别与确定研究对象；然后是通过各种方法或渠道收集已确定的研究对象的有关资料；再依据收集到的有关资料，进行资料的整合，并做出合乎逻辑的诊断；然后是实施矫治或调整；最后是跟踪研究或随访。[14]
罗伯特·K.殷从人类学、社会学的角度提出个案研究的实施程序：确定问题、设计方案、收集数据、分析数据以及撰写个案研究报告。另外一些学者立足于教育研究视角，提出个案研究法的程序，首先要确定个案，对个案的现状进行评定，收集个案资料，整理分析资料，对个案进行补救、矫正与发展指导，再进行追踪研究，最后是撰写研究报告或论文。
在众多关于个案研究实践步骤的讨论中，约翰·罗森堡（John P.Rusenberg）和帕齐米·耶茨（Patsy M.Yates）的讨论是相对比较详尽完整的。他们认为，个案研究的实施过程包括研究问题的提出、研究主题和理论基础的确定、研究个案的确定、研究方法的选择、收集数据方法的确定、数据分析方法的确定、通过预先设定的分析过滤器对已分析的数据进行完善、使用矩阵将数据简化为可管理的模块和概念组、得出结论并撰写个案报告。同时，他们还提出可以通过图表的形式将整个研究过程进行呈现。[15]下面将结合本章案例“武汉市江岸区辅读学校课外活动实施的个案研究：以轮滑活动为例”对约翰·罗森堡和帕齐米·耶茨关于个案研究的实施步骤展开具体的介绍。
一、个案研究的基本步骤
（一）研究问题的确定和提出
开始个案研究，首先要确定研究问题。教育研究的问题大多数来自于教育实践，是在教育实践中产生并有待解决的问题。可以从以下三个方面对问题的性质加以考虑。第一，价值性原则，即研究问题是否在理论和教育实践上有价值。第二，科学性原则，即研究问题是否以一定的科学理论为依据。第三，可行性原则，即研究是否具备客观条件、主观条件等。个案研究比较适合研究那些需要探求原因、改善模式的问题。如陈向明在“关于我国中部农村儿童辍学问题的个案研究”中指出，已有的研究中“定量的方法不能在微观层面上进行细致的描述和分析”“没用再现辍学学生和心理状态和意义建构方式”“没有对辍学的具体情节和过程进行探讨”。