为改变现今教育部直属高校分布极不均衡的格局，合理布局教育部直属高校，建议在目前没有教育部直属高校的13个省、区（或加新疆生产建设兵团，下同）各设1所教育部直属高校。
目前75所教育部直属高校分布为：北京24所；上海8所；江苏、湖北各7所；陕西5所；四川4所；山东3所；广东、天津、重庆、湖南、辽宁、吉林各2所；浙江、黑龙江、安徽、甘肃、福建各1所；其余的河南、河北、江西、山西、青海、贵州、海南、云南、内蒙古、宁夏、新疆、西藏、广西13省区均为0所。教育部直属高校在全国各省（市、区）分布不均衡有其历史、经济、地理、体制等原因，而长期以来高考录取采用分省定额的方式，导致许多部属高校在属地与外地的招生比例相当悬殊，不但引起了许多省、区民众的不满，也诱发了“高考移民”等不良现象。尽管在教育部的引导和规范下，教育部直属高校近年来已经逐渐减少了属地招生的比例，但因为各省（市、区）教育部直属高校分布很不均衡，教育部直属高校在各省（市、区）招生的总数与当地人口总数的比例，各省（市、区）之间仍很悬殊。
从历史角度考察，民国时期的国立大学最多共设过32所，其中上海4所，北京3所，江苏、天津、浙江各2所，吉林、辽宁、湖北、山西、陕西、四川、广西、广东、湖南、江西、重庆、安徽、山东、河南、贵州、甘肃、福建、云南、台湾各1所。民国时期国立大学虽在总量上不多，但在各省、区的具体分布上基本呈现为“扁平化结构分布格局”，即大部分省、区至少有一所国立大学，且未出现明显的两极分化现象。一直持续办学至今的非教育部直属大学如西北大学、河南大学、山西大学、安徽大学、云南大学、广西大学、贵州大学等在民国时期均是国立大学。