110年前，发生了中国教育史上的一件大事，即清朝政府于光绪二十七年八月初二日（1901年9月14日）下令改书院为学堂。从此，在中国历史上存在上千年的书院，从制度上失去了继续存在的根基，很快退出了中国历史舞台。
书院已经成为一种离我们既远又近的文化遗存。作为制度形态的书院，已经随传统社会永远消逝，离我们越来越远；作为建筑形态的书院，则在东亚世界还有广泛的存在，不少地方都还能见到一些书院旧址，有的修复了一些书院，甚至试图复办某些书院。
在中国古代文化史和教育史上，书院与科举是两个相当独特的方面。书院与科举互相联系又互有区别。书院是有形的，科举是无形的；书院给人的印象多是建筑，科举给人的印象多是制度。书院也有无形的制度，但不是最主要的特征；科举也有有形的考场，但至今多已灰飞烟灭。书院与科举在20世纪初都被看成落后守旧的东西而为人们所否定，但书院在当代的形象已趋正面，而科举在当代多数人的印象中还是负面的。
一千多年间，书院与科举同甘共苦，书院研究大家李才栋先生曾将两者称之为“姐妹花”，我认为到后来书院与科举实际上是一对难兄难弟。书院虽在科举之后出现，但从宏观上看，两者都在隋唐时期诞生，经过长期的发展演变，一同在20世纪初被彻底废去。在它们共存的上千年时间内，两者具有共同的文化基础，关系越到后来越密切。
书院之名，始于唐玄宗时的丽正修书院和集贤书院，当时的集贤书院已有教学活动。[2]但真正作为后世书院起源的书院，则始于唐后期兴起的私人读书。中唐以后，有许多准备报考进士科的士子隐居山林，潜心读书，书院便由习进士业的士人读书山林之风尚演进而来。过去多数学者都认为书院与科举的关系是疏离的，或者说书院具有反科举的传统，但近年来的越来越多的研究成果已逐渐改变了这一看法。作为儒家文明的产物，书院是宋明理学的策源地和大本营，理学作为宋以后儒家学说在新的历史条件下的发展，十分强调修身、齐家、治国、平天下。在书院生存的科举时代，士人反对科举只能居于修身齐家的层次，很难达致治国境界，更遑论实现平天下的理想。大多数书院教育家也是深明此理的，因此他们本人积极争取应举入仕，而且不反对书院学生应举入仕，主要是劝导学生要学问、举业并重。正如最著名的书院教育家朱熹所说的：“居今之世，使孔子复生，亦不免应举。”[3]反对科举在当时既不合时宜，也不现实。士人如果能够应举入仕，具有了更高的知名度和地位之后，往往反而可以获得更好地宣传自己学说的机会和条件。朱熹、陆九渊、湛若水、王守仁等书院大师都是考上进士之后，才有较好的学术和政治资本建立或修复书院，进行讲学布道的。因此，书院治学与应举入仕有对立的一面，也有统一的一面。