中国农村义务教育阶段在校生有将近1.5亿人。我国政府为推进农村地区的“两基”工作，投入了大量的人力、物力和财力。前文概述了改革开放以来，我国农村义务教育经费投入体制的变迁。实际上，在这些常规的投入之外，中央政府为了照顾农村地区教育的特殊需求，还有针对性地设置了许多专项基金，通过一些重大工程，有效保障农村义务教育的可持续发展，缩小城乡义务教育的差距。
从1995年实施的“国家贫困地区义务教育工程”开始，进入21世纪，中央又陆续出台了“全国中小学危房改造工程”“农村寄宿制学校建设工程”和“农村中小学现代远程教育工程”等全国性的重大工程，进一步改善了农村地区中小学的基础设施。2010年，农村地区教师住房困难的问题受到了中央的高度重视，同年启动了“农村边远艰苦地区学校教师周转宿舍建设试点项目”，为农村教师提供保障性的周转宿舍，极大地改善了农村教师的生活条件。2011年秋季，为了落实《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》精神，国务院决定正式启动“农村义务教育学生营养改善计划”，以保障贫困地区中小学生的健康和营养状况。
2.2.1 国家贫困地区义务教育工程
“国家贫困地区义务教育工程”已经实施了两期，第一期从1995年到2000年，由教育部（原国家教委）、财政部联合组织实施。在一期工程中，各级政府共计投入129亿元，中央财政投入39亿元，地方财政配套87亿元。第二期在“十五”期间进行，各级政府共计投入73.6亿元，中央政府投入50亿元，地方财政配套23.6亿元。
“一期工程”在2000年年底圆满完成，实施范围包括了全国22个省、自治区、直辖市及新疆建设兵团的852个贫困县，其中“八七”扶贫攻坚计划确定的国家级贫困县就有568个。作为第一个全国性的义务教育重大工程，“一期工程”总体上收到非常好的效果，主要体现在如下几个方面。