中国校本课程开发发展迅速，却仍然遭遇到来自认识、制度、实践等诸多方面的挑战。
（一）中国校本课程开发的挑战
徐玉珍指出，对中国而言，校本课程开发具有几项现实意义：可以弥补国家课程发展的不足；运用校本课程开发则能更加满足地方和学校及学生的需求；有助于促进教育民主化发展过程；有助于推动中国内地素质教育改革的深化，即全民教育及全方位的教育；有利于学校更好地适应市场需求；有利于教师的专业发展；有利于形成学校的特色；有利于促进教育的合作与交流。[55]校本课程开发实践中，取得了一定的成绩，积累了一定的经验，个别学校形成了较为成熟、完备的课程开发机制与模式，一些学校通过校本课程开发促进了学生和教师的发展，形成了学校特色，推动了课程发展。崔允漷等人对中国内地校本课程开发状况做了一次比较全面的调查研究，结果发现，90%的学校在不同程度上进行了校本课程开发，76.6%的教师认为自己能够胜任校本课程开发，有将近60%的教师积极参与校本课程的开发，一半以上的教师（56.8%）能正确理解课程的基本内涵，97.1%的教师常常或有时思考教学内容的问题。[56]尽管如此，中国内地校本课程开发仍然面临着一些困难。[57]从整体上看十余年中国的校本课程开发，仍然处于初级阶段，目前和在将来的一段时间内都会面临很多实际问题和困难，尤其表现在概念含混、权力分享不足、群体参与度不高、评价制度钳制和发展失衡五个方面。
1.概念含混
尽管校本课程开发研究取得了一定成果，但关键概念的理解仍然不够清晰。校本课程开发理解为“开发策略”还是“开发产品”？校本课程开发与“校本课程”“校本管理”有哪些不同？国家课程、地方课程与校本课程关系究竟如何？国家课程校本化实施与校本课程开发、学校课程整体规划的关系如何？“校本课程”与综合实践活动、活动课、选修课的关系又是怎样？如此等等，理论概念上的含混，导致学校和教师在对校本课程开发认识上各执一词，引起不少误解，实践操作自然缺乏明确的方向，最终影响校本课程发展的品质。