学校安全组织体系，由相互联系、相互支持、相互配合的各分支机构构成。衡量学校安全组织体系的结构是否合理，应从纵向和横向两个方面来考察。从纵向看，安全工作责任重大、后果严重、时限性强，要求反应迅速有效，因此，学校安全管理组织体系必须有责权清晰的决策系统、指挥系统、执行系统。从横向看，应对安全突发事件，需要强有力的人财物资源作保障，因此还应根据需要建立信息通讯系统、交通运输系统、物资保障系统、抢险救护系统等。限于学校的职能和条件，这些组织机构一般不独立设置，但其相应职能必须具有。在实践形态上，学校应设立学校安全领导小组和学校安全专项工作组这两类机构。
（一）学校安全领导小组
学校应成立安全工作领导小组，在中小学由校长任组长，相关副校长和教务、总务、德育等部门负责人任成员，全面负责学校安全领导工作。学校安全工作领导小组的职责是：贯彻落实国家有关法律法规，完成上级关于学校安全管理的工作目标；组织全校性的安全教育，提高全校师生员工的安全意识；根据学校的具体情况，组成学校安全管理的职能部门，并对其工作进行监督；组织制定学校安全事故的应急预案；处理学校发生的安全事故；负责向上级领导部门汇报，与社会相关部门的协调与沟通。
在学校安全突发事件出现后，在领导小组的基础上，成立应急指挥小组，负责事故处置的现场指挥。应急指挥小组领导及成员的构成，根据突发事件的种类和级别确定。
（二）学校安全专项工作组
学校安全专项工作组，负责学校各种突发事件的专项防范和处置。一般是根据学校突发事件发生的种类划分的，由于划分标准的差异，对学校突发事件及其相关工作组的划分也不尽相同。根据学校突发事件的易发生场所，相应的学校安全专项工作组应包括：