1998年5月4日，时任国家主席江泽民在庆祝北京大学建校100周年大会上发表讲话，提出“为了实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学”。同年12月24日，教育部发布《面向21世纪教育振兴行动计划》，提出要相对集中国家有限财力，调动多方面积极性，从建设重点学科入手，加大投入力度，对若干所高等学校和已经接近并有条件达到国际先进水平的学科进行重点建设，争取使若干所大学和一批重点学科在10～20年内达到世界一流水平。这项重点建设计划被称为“985工程”。1999年，教育部分别向北京大学、清华大学投入18亿元，“985工程”开始实施。此后“985工程”建设范围不断扩大，一期（1999—2003年）建设共有34所高校加入，二期（2004—2007年）建设又有5所高校加入，从而使“985工程”重点建设的高校达到39所。
“985”工程一期建设侧重学校的整体建设和重点学科建设，二期建设的任务是“巩固一期建设成果，为创建世界一流大学和一批国际知名的高水平研究型大学进一步奠定坚实基础，使一批学科达到或接近国际一流学科水平”[15]。其目标是：通过管理体制创新、运行机制创新，积极探索世界一流大学建设的新机制；造就和引进一批具有世界一流水平的学术带头人和学术团队；结合国家创新体系建设，重点建设一批“985工程”科技创新平台和“985工程”哲学社会科学创新基地，促进一批世界一流学科的形成，推动学科建设。
“985工程”的建设任务包括以下几个。
第一，机制创新，即按照世界一流大学建设的要求，改革现行的管理体制和运行机制，以适应世界一流大学建设的需要。它具体包括人事与分配制度、科研管理与学科组织模式、绩效考核与评价机制等方面的创新。