尽管40年来我国高等教育办学体制改革取得了令人瞩目的成就，但现有办学体制还远远不够完善，仍然存在诸多问题和不足，主要表现在以下几个方面。
（一）高等教育中的非政府办学主体力量仍然较弱，难以满足人民群众对高等教育多样化的需求
从机构总数来看，截至2016年年底，尽管我国民办高等学校达1555所，但其中具有颁发学历文凭资格的民办高校仅742所（其中独立学院266所），而全国公立普通高等学校和成人高等学校总共为2138所。具有颁发学历文凭资格的民办高校数与公立高校数之比约为0.35∶1，公立高校的数量远远超过民办高校的数量。
从办学层次来看，目前民办高校主要开办本、专科层次教育，仅有极少数民办高校取得了研究生教育的举办权。虽然266所独立学院全部属于本科院校，但独立学院主要由其母体公立高校举办，带有很大的公立高等教育的特点。
从学生人数来看，截至2016年年底，民办高校在校生共计634.06万人，其中，硕士研究生在校生715人，本科在校生391.52万人，高职（专科）在校生242.46万人；另有自考助学班学生、预科生、进修及培训学生35.45万人。而公立高校在校生总数为2844.28万人（包括普通高校生和成人高校生），民办高校（包含独立学院）学生数与公立高校学生数之比为0.22∶1。
也就是说，无论从机构数看还是从学生数看，民办高等教育仍然处于绝对弱势地位，主要开展本、专科层次的学历教育和其他类型的培训教育。这一方面说明民办高等教育的总体办学水平还有待提高，同时也说明民办高等教育的发展规模仍然偏小，虽然形成了“一主多元”的办学体制，但居于支配地位的还是“一主”，即以政府办学为主。“一主”办学的局面没有得到根本改变，人民群众对于高等教育多样化的需求仍然没有得到充分满足。