2003年9月1日，《民办教育促进法》开始施行，标志着我国民办高等教育进入了规范发展期。这一阶段，国家不断出台政策，规范民办高等教育的发展。
独立学院作为民办高等教育的一种新型办学模式，是高等教育办学体制改革的产物，在快速发展的过程中，也出现了乱发文凭、产权不清、质量低下、双轨收费、管理混乱、违规招生等众多问题。为此，教育部于2003年颁布《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》，要求坚决落实“民”“独”“优”三项原则，“民”就是民办机制，必须按民办机制运行，不能走“民不民、公不公”的路子。教育部对这一条的态度十分明确，无论是省级教育行政部门还是申办高校，都不要试图走混合型的路子；“独”就是要真正做到独立办学、独立招生、独立发放文凭、独立财务核算、独立法人；“优”就是办优质本科。[2]2003年8月下发《教育部关于对各地批准试办的独立学院进行检查清理和重新报批工作的通知》，对全国360多所民办二级学院的“校中校”、以二级学院名义实行“双轨收费”、产权不明晰、民办机制不健全、不独立发文凭等办学失范行为进行了清理整顿，取消了100多所，重新备案最终确认了249所独立学院。2004年7月，经教育部审核，在全国范围内确认了233所独立学院，基本做到了“独立”：具有独立的校园和基本办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算，具有独立法人资格，能独立承担民事责任。
独立学院中既有国有资本、集体资本，又有民营资本、国外资本，办学模式多种多样。依据投资渠道与合作方式的不同，独立学院办学模式可分为以下五大类型。[3]