进入21世纪，随着国内外环境的深刻变革，我国民办教育的社会影响力和贡献率越来越大。以民办高等教育发展为例，从1982年成立改革开放以来第一所民办大学——中华社会大学起算，我国民办高等教育机构已经由1982年的30余所发展到2005年的1329所，24年间增长了43.3倍，年均增加50余所。[7]但是，在数量逐渐增长的同时，民办高校倒闭现象也不断增多。根据中国民办教育协会的不完全统计，2008年全国民办非学历高等教育机构有866所，比2003年减少了238所。由于生源紧张，民办高校2009年招生人数普遍下降了一半左右。[8]民办高校倒闭的背后，折射出民办高等教育领域存在的办学质量不高、办学行为不规范、管理制度不完善、师资队伍不稳定等诸多问题。
针对民办教育的成就和风险，这一阶段出台的主要法规政策有：《国务院办公厅关于加强民办高校规范管理 引导民办高等教育健康发展的通知》（以下简称《引导民办高等教育健康发展的通知》）（2006年）、《民办高等学校办学管理若干规定》、《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》、《关于鼓励和引导民间资金进入教育领域 促进民办教育健康发展的实施意见》（以下简称《促进民办教育健康发展的实施意见》）等。同时，来自国家多个部门出台的部门规章，如《教育类民办非企业单位登记办法》《民间非营利组织会计制度》《民办教育收费管理暂行办法》等成为规范和影响民办高校发展的重要法律法规政策。此外，地方政府也在规范民办高校发展、防范民办教育风险方面做出了重要探索。
（一）强化教育教学管理
鉴于2006年前后民办高校在招生、管理、教学等方面出现的一系列混乱现象乃至部分学校因学籍、学历、收费等问题相继发生的学生群体性事件。国家进一步强化了对民办高校的规范管理。从《引导民办高等教育健康发展的通知》的“规范管理”和《民办高等学校办学管理若干规定》的“办学管理”等称谓中可见一斑。具体体现在：一是强化教育教学管理。《引导民办高等教育健康发展的通知》要求要“严格按照国家规定标准充实和完善办学条件。健全教学管理机构”“加强教师队伍建设”。《民办高等学校办学管理若干规定》强调“民办高校的办学条件必须符合国家规定的设置标准和普通高等学校基本办学条件指标的要求”。民办高校“不得以任何形式将承担的教育教学任务转交给其他组织和个人”。同时规定“建立教师、学生校内申诉渠道，依法妥善处理教师、学生提出的申诉”。二是强化党团组织建设。《民办高等学校办学管理若干规定》在《引导民办高等教育健康发展的通知》提出建立健全党团组织的基础上，进一步明确要“按照不低于1∶200的师生比配备辅导员，每个班级配备1名班主任”。此外，在招生、收费等问题上都作了重点规定。《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》则从进一步完善政府治理责任的角度，对强化民办高校规范管理作了规定。主要包括加强民办高等教育的统筹、规划和管理，积极探索营利性与非营利性民办学校分类管理，规范民办高校的法人登记制度，完善督导专员制度，依法明确民办高等教育机构变更、退出机制，加强教育部门或第三方评估机构对民办高等教育的办学评估等。