（一）研究方法和研究视域单一
尽管40年来儿童研究的内容与主题不断丰富，但方法学上的进步却相对滞后。研究者们依然普遍使用问卷调查、测量等传统研究方法；面向低龄幼儿的研究缺少方法上的突破；缺少有效利用儿童生理心理发展数据的研究方法，如智能手环、检测睡眠式床垫、眼动追踪技术等。计算机视觉领域的技术，如表情识别、视频标记与提取等在视频资料处理与分析方面的潜力也尚未引起研究者关注。此外，儿童研究的视角还较为局限。受哲学、心理学和社会学等学科的影响，在大教育研究领域新的研究视域如现象学、符号学、解释学、民俗志等的研究层出不穷，但在学前儿童研究领域新的研究视角并不多见。
（二）横向研究明显多于纵向研究
横向研究是通过在同一特定时间内比较不同年龄组的被试者来研究发展倾向的一种方法，虽然可以在短期内获得结果，但研究群组间的可比性较差，除了研究者要考察的因素之外，可能还存在其他方面的差异。而纵向研究则是在跨越一定时间的情况下，对同一个样本群体进行至少两次的测查。[104]纵向研究可以在较长的时间里追踪研究同一个体或同一群体，探究发展的一般模式、个体差异以及早期经历与以后成长发展的关系，以动态的发展观认识个体已有的发展结果，对研究儿童个体或群体的变化、发展顺序以及相应的社会和环境变化非常有价值，已成为国际范围内研究儿童发展与教育问题的重要研究方法。但目前我国关于儿童的研究大多属于横向研究，少数的纵向研究也存在样本代表性不足、研究内容不够全面系统的问题。[105]
持续的资金支持是进行儿童发展与教育纵向研究的有力保障。而纵观以往的研究，长期项目的时间、人力、物力投入较大，支持长期项目研究的基金较少，而且基金项目与科研机构越来越强调短期内的成果产出与量化评价，导致研究可持续性较差，影响研究的深度。另外由于纵向研究费时费力，研究人员与机构之间的合作是必不可少的，如已有的纵向研究中就有相当一部分是高校与医学研究中心在医院合作完成的，加强跨机构间的合作已成为纵向研究发展的趋势。