民办教育是教育事业发展的重要增长点和促进教育改革的重要力量，所以，对民办教育进行监管同样是政府的责任。各级教育主管部门应设立专门的民办教育管理机构，从以下几方面做好对民办教育的监管工作：一是充分保障民办学校的办学自主权，为民办教育发展创造一个宽松的政策、制度环境，合理确定政府行政行为和市场调节行为之间的界限。教育主管部门要明确职责，对于需要依靠市场机制解决的问题，政府不应过多干预。二是对民办学校依法办学、教育教学质量的提高、教师培训等方面进行监督和管理。三是对民办学校的收费、资金使用、财务管理进行有效监督。四是对民办学校的宣传广告进行审查批准。政府各部门应根据《民办教育促进法》的精神，制定有利于民办教育发展的扶植措施，对民办教育进行资助，创造一个良好的政策环境。各级政府也应当根据本地区的实际需要和可能，制定相应的配套政策，为促进民办教育的进一步发展提出一些好办法，创出好经验。
此外，民办教育的问题仅仅依靠教育部门是难以解决的，需要与民办教育有关的职能部门，如财政、税务、人事、民政、人社、编制等的综合协调与协作，对制约民办教育发展、涉及全局性的问题进行研究。民办学校的税收优惠问题、民办教师的身份问题、政府对民办学校的资助问题、民办学校的收费问题等，都需要政府各有关部门通力协作。具体而言，还要从以下几个方面完善民办教育的监管体制和监管手段。
（一）以业务主管部门的监管为主
我国对民办学校的设立采取的是双重管理体制，即设立民办学校首先须经享有审批权的业务主管部门审批，在取得审批机关颁发的办学许可证后，还须依《民办非企业单位登记管理暂行条例》的规定，到相应的民政部门进行登记，方可开展教育教学活动。这里需要说明的是，教育主管部门颁发的办学许可证的内容是不包含登记管理机关的登记事项的。业务主管部门的审批重在对其开展业务活动的能力进行资格认定，而登记管理机关颁发登记证书则是赋予民办学校合法的地位，两者之间存在明显区别。