计划经济下，我国自上而下实行高度集中统一管理。高校隶属行政部门领导之下，没有办学自主权，政府集举办者、管理者、办学者于一身。这种管理体制使得政府权力过大，行政化倾向明显，削弱了高校主动面向社会、面向市场的积极性，不利于高校办出特色，发挥优势。改革开放以来，伴随着社会主义市场经济的发展，高等教育条块分割的领导体制向中央和地方两级领导体制转变，改变了高校归部门所有的体制。国务院1986年发布的《高等教育管理职责暂行规定》，专门就当时的国家教委、国务院相关部委及省、自治区、直辖市人民政府的管理职责分别做了规定，还就扩大高校管理权限、增强高校适应经济和社会发展需要的能力做了规定。1990年，为了加强国家对普通高等教育的宏观管理，国家教委发布《普通高等学校教育评估暂行规定》，指导普通高校的教育评估工作。
在20世纪80年代教育体制改革的基础上，《中国教育改革和发展纲要》提出进一步深化改革的具体目标和任务，指出进行高等教育体制改革，主要是解决政府与高校、中央与地方、国家教委与中央各业务部门之间的关系，逐步建立政府宏观管理、学校面向社会自主办学的体制；在高校的招生和毕业生就业制度方面，要求改变全部按国家统一计划招生的体制，实行国家任务计划和调节性计划相结合，同时改革学生上大学由国家包下来的做法，逐步实行收费制度，改革高校毕业生“统包统分”和“包当干部”的就业制度，实行少数毕业生由国家安排就业，多数毕业生“自主择业”的就业制度。《中国教育改革和发展纲要》还提出改革对高校的财政拨款机制，逐步建立起以财政拨款为主，其他多渠道筹措教育经费为辅的体制。