随着“效率优先，兼顾公平”为导向的基础教育改革的不断深入，整个社会的教育不公平趋向越来越突出，主要体现在区域、城乡教育发展的失衡，阶层、校际教育差距的扩大等方面。自我国进入全面建设小康社会后，针对新情况、新任务，政府开始了“坚持教育优先发展，促进教育公平”的新一轮探索。21世纪初，效率第一的教育质量观才有所缓解，开始在教育的各个层面推动公平意义上的质量提升。随着关于教育公平和教育均衡发展（尤其是义务教育均衡发展）问题讨论的深入，以及国家相关政策、文件的相继印发，教育公平取向由起点的机会均等延伸到过程、结果的教育质量均衡。
基础教育充分吸取前段教育改革经验教训，从2003年开始走向以重建新体制、重建新教育系统的教育变革新阶段。伴随全面建设小康社会目标的提出，政府加大对落后地区、薄弱学校和弱势群体的扶持力度，缩小地方差距，积极促进基础教育均衡优质发展。为缩小城乡教育差距，推进教育公平，2003年《国务院关于进一步加强农村教育工作的决定》把农村教育作为教育工作的重中之重，与此同时，教育的区域差距也引起了国家的注意。对此，2004年3月国务院批转的教育部《2003—2007年教育振兴行动计划》提出以制度创新为特色，旨在促进教育系统内部均衡发展；提出完善小学升初中就近免试入学制度，健全助学制度和科学规范的教育经费管理制度等；提出加大对西部地区、少数民族地区等的教育支持力度，促进东、中、西部地区教育的协调发展。2005年，鉴于义务教育的城乡差距、地区差距、校际差距依然存在，并有进一步扩大的趋势，义务教育均衡发展成为备受关注的问题。对此，教育部印发《关于进一步推进义务教育均衡发展的若干意见》，全面阐述义务教育均衡发展的政策。2005年年底，国务院决定将农村义务教育纳入公共财政保障范围，深化农村义务教育经费保障机制改革，从2006年春季学期起，对西部地区农村义务教育阶段学生学杂费实行全免，对贫困家庭学生无偿提供教科书，对贫困家庭寄宿生提供生活费补助。2007年春扩大到中东部农村地区。“两免一补”政策确保不让农村学生因家庭经济困难而失学。2006年修订的《义务教育法》是教育公平的重要转折点，它以法律的形式规定了“以义务教育均衡发展为内容的教育公平”，使我国的教育公平从政策规章层面进入法律层面。其中第六条规定：“国务院和县级以上地方人民政府应当合理配置教育资源，促进义务教育均衡发展……”2007年，党的十七大报告将教育摆在民生问题的首位，明确提出“教育是民族振兴的基石，教育公平是社会公平的重要基础”；指出要实现“优先发展教育，建设人力资源强国”的目标，“就必须实现教育公平”，从而完全确立了教育公平的重中之重地位。2008年，国家规定免除城市义务教育阶段学生学杂费，将进城务工人员随迁子女接受义务教育纳入公共教育体系，免费义务教育在全国范围内推行。可见，国家通过教育法律与政策的制定和修改，充分关注和促进基础教育阶段教育公平。2009年，温家宝同志主持会议，研究部署《教育规划纲要》的制定工作时强调，要“把促进教育公平，满足人民群众不断增长的多层次、多样化的教育需求作为规划的重点，把促进人的全面发展，办人民满意的教育作为规划的落脚点”[12]。2010年颁布的《教育规划纲要》明确指出：“教育公平是社会公平的重要基础。教育公平的基本要求是保障公民依法享有受教育的权利，关键是机会公平，重点是促进义务教育均衡发展和扶持贫困群体，根本措施是合理配置教育资源，向农村地区、边远贫困地区和民族地区倾斜，加快缩小教育差距。教育公平的主要责任在政府，全社会要共同促进教育公平。”