方以智出言忽起忽落且支离难解，然于“一在二中”、“举一明三”之论却是相对比较集中，其意亦较明了。自其披缁之后，从论说的集中程度上说，没有可以与此论相媲者。如果说在早年的《通雅》、《物理小识》中，“博乃能约”、“质测即藏通几”这种“一多相即”的思想还只是“一在二中”的雏形；那么，在其中年《易余》、《东西均》等著中则舍“考据”与“质测”，集中论说“一在二中”、“举一明三”的道理；在更晚的《一贯问答》中，则干脆“全身滚入事中”，所见全是“一”，亦皆为“多”，万物一体之境乃最终圆成。在一定程度上说，方以智的心性论，就是在对“一多相即”、“一在二中”的诠释过程中渐趋圆熟的。
体用圆融：圆者，圆满无遗，即他所说“诊知此一法身圆溢周洽，则九十九万毛窍皆太极也”[1]，“道体常而尽变，一隅不足举之”[2]；融者，通一不隔，即他所说“贯则为一”、“万物一体”以及“全树全仁”等。体用是一般用语，在方以智，即为道器、仁树或“一”“二”。此“道”或“一”既客观为天道仁体、神体，亦主观为心、为仁。他早中年多以“至理”、“所以然者”、“太极”、“公因”等显客观之天道，而晚年则多以道德本心著道。