方以智所称“独性”主要包括两个方面的内容：一是物类之间的“克制生化之性”；二是就后天之质而言其灵蠢各殊。相对“公性则一”而言，“独性”的特点是：第一，独性是多。无论是“物类”之性，还是“灵蠢”之性，皆是多相。第二，“独性”皆就物之“质”而论，属形下之气。“独性”是经验主义或自然主义意义下的描述之性，“独性”是“小心”的认识对象。当然，这两种“独性”亦有不同处。
（一）“物类”之性
《物理小识》是方以智早期自然科学类著作，该著根据物类性情之异，将研究对象分为十五大类，以征其间“克制生化之性”，达到“因其性而用”之目的。
在《物理小识》中，他称“物类”之性为“独性”，如他说：
气行于天曰五运，产于地曰五材。七曜列星，其精在天，其散在地，故为山、为川、为鳞、羽、毛、介、草、木之物，声色臭味，别其端几。黄帝论人亦以五，五约之正，谓独性各别，而公性则一。[76]
此处“独性”即指山、川、鳞、羽、毛等物类之性，“黄帝论人亦以五”是指《黄帝内经》中黄帝所言“天有四时五行以生长收藏，以生寒暑燥湿风。人有五脏化五气，以生喜怒悲忧恐”一语。方以智言“物类”之性，深受《黄帝内经》的影响，其自述曰：“先曾王父本庵公精医学，以为人子须知。先王父廷尉公曰：‘三才之故，身建天地，《灵》《素》不可不学也。’”[77]
“物类”之性乃就“质”而论，他说：“蜜成于蜂，蜜温而蜂寒；油生于麻，麻温而油寒，同质而异性也。”[78]即是说蜜与蜂、油与麻是同质的，而特性不一。从“气之质”和“物之性”方面将事物分成不同的类，是《物理小识》探究万物之间“相同则相求”、“相克则相制”的研究方法。方以智对“质”和“物”的定义和使用，与理学家们训“物”为“事也”有很大的不同，表现出强烈的认知倾向。