“公性在独性中”是方以智论性的显著特点和最着力处。在论道气关系时，他常用“一多相贯”、“一在二中”来说明道气之间“不离”、“不落”之关系。於穆不已之天道“流注”于个体以为性（“公性”），性与天道同为创生之神，二者同质异名。“公性”是绝对的“一”，是“独性”之所以然者；“独性”各殊，是“生后之气质”，故为“多”，亦是气。所以，在方以智看来，“一在二中”这种道器之间的关系，同样适用于“公性”与“独性”。
（一）“性命不可一”与“性命之不可二”
先看方以智论“公性”与“气”（命）的关系，他说：
不待生而存，不随死而亡者，性体也。此性命不可一者也。命以气言，终无气外。理为气之所依，性以理言，终无理外。气为理之所托，如波**水，全水在波，如水成波，全波是水。此性命之不可二者也。四端之心，尽乃能知性，而知性即所以知天。彼求知天于阴阳之说者，外矣。几希之心存，是为养性，而养性即所以事天。彼求事于主宰之帝者，疏矣。知所谓性，而存心以敦其养，善养其性，而尽心以成其知。……孔子之言相近，以其受变于气之分数言之也。孟子之道性善，以其不受变于气之本体言之也。程子之言生之谓性，岂告子之生之谓性乎？告子混气于性而执其生，如谓影是月。后儒外气于性而执其理，如谓水非水。然告子之执，断不可恃，而后儒之执不嫌于晰，何也？何以缘所遗者，立心之名于缘外，独不可以气所听者，耸理之名于气外乎？此明于孟子之不谓，以明子思之谓也。[94]
上述总论“公性”与“命”（其实是“气”）之关系。先疏理上述“性命不可一”之意。方以智先以“不待生而存，不随死而亡者，性体也”说明“性体”的绝对性与永恒性，以显其至尊地位。“命以气言”，此“命”当为气命、偶命，而非天命，它没有必然如此而不如彼的理由，非由性体或天道所贞定的价值性命，张载亦有此论，如他说：“故论死生则曰‘有命’，以言其气也。”[95]“性以理言”，这是理学家所共许者，又名“义理之性”，方以智名之“公性”，其实一也。与理学家一样，方以智言道、理、神、虚、神或太极，其目的皆结穴于此“性体”，它是彰显道德主体的超越根据。人人完具此体，不随君子、小人之气质之别而有异，此即上述“孟子之道性善，以其不受变于气之本体言之也”。本体之善虽同，但是，实践上的善，表现却不尽相同，这不单纯是天命之事，毕竟英雄之气分数多，上述方以智谓“孔子之言相近，以其受变于气之分数言之也”即是。程明道曰：“义理与客气常相胜，又看消长分数多少，为君子小人之別。”[96]尽管人人完具此永恒、普遍之“公性”，但在道德实践上之表现，却“受变于气之分数”，因此有君子与小人之别。圣人通体是德，全气是神，不诱于气，故曰“圣体”，实为“性体”或“道体”；小人反之，只求躯壳之欲，顺自然之气质，淹没了孟子所谓“悦我心”者，颜元说：“世间人只为‘温饱’二字，耽搁了多少英雄，埋没了多少人品！夫子就此地扫兴他一场，直令膏粱子弟、肥马轻裘者无立身处，衣敝缊袍不耻，只是‘志’好。”[97]意即，先要做个人，立其大本，才有英雄经世之用，此之谓“先立乎其大者，则其小者弗能夺也。”（《孟子·告子上》）若只是奋个人之自然生命强度，全在气中横冲直撞、滚来滚去，则非立体致用之英雄，最终顺自然律而萎靡，此之谓“赵孟之所贵，赵孟能贱之”（《孟子·告子上》）。故方以智谓“告子之执，断不可恃”。