“公心寓于独心中”或“不生灭心在生灭心中”与“公性在独性中”一样，同为“一在二中”这种理论在心性方面的具体应用。“公心”就是永恒的“不生灭心”，他说：“气习聚者散，而大心无聚散。”[81]“大心”是就“公心”之“足塞天地”而言，其实一也。“大心无聚散”，故名之为“不生灭心”，皆为超越的道德创造之本心、仁心。本心、公性与天道一体，同为无相无迹的、绝对的“一”；“独心”或“心包络”属气质层，相对绝对的道体而言，“独心”等同于物而为相对之“二”或“多”。相对“公心”而言，“生灭心”或“独心”亦有二义。其一，相应“公心”的普遍性，“独心”就是具体的、经验的心，它既指生理意义上的“肉团心”，又指认知之心。这种经验之心，相对于“公心”而名为“独心”，相对于“大心”则名为“小心”，皆为朱子所谓“肺肝五藏之心”[82]。其二，相应“公心”之无思无虑、不立一意而言，“独心”又泛指私心，驰于外物之心。
鉴于上述“公心”与“独心”之义，“公心寓于独心中”既可指心与物之关系，又可指心（性）与情、公与私之关系。心物关系下文有专节述之。关于公（心）与私（情欲）之关系，方以智提出“情由性发，性由情显”，这是合乎“一在二中”义理逻辑的，本文第三章第二节详论之。下面重点考察作为认知之心的“独心”（或小心）与“公心”的关系。“小心”对治“质测”之学，而“公心”则关乎“通几”之学。“质测即藏通几”、“心不用而用小心”和“心物不二”皆以“公心寓于独心中”为理论基础。
（一）“心不用而用小心”——由“质测即藏通几”说起
“质测即藏通几”是方以智“坐集千古之智”、“借远西为剡子”的重要思想结晶。侯外庐先生是此命题的最早诠释者，他认为“质测即藏通几”揭示了科学与哲学的关系。[83]目前，学术界对“质测即藏通几”的理解大致本于侯先生所论，如张学智教授认为：“质测是一种实证的知识活动，……通几是从个别推知一般，从可见的物理推知不可见的道的哲学活动。”[84]郭齐勇教授解释说：“就其最直接的涵义而言，是说具体科学本身就含着哲学的道理，或者说，哲学的道理也就表现在具体的实证科学之中。”[85]罗炽教授将此命题与“通几护质测之穷”放在一起解释说：“一方面是自然科学中包含了哲学认识方法论，另一方面是哲学认识方法论指导自然科学的进一步深入，两者相辅相成。”[86]以上种种解释不能说为错，但并不十分准确。他们虽然发掘了中国传统哲学命题中所蕴涵的现代意义，但也遮蔽这一命题所固有的丰富内涵。其主要原因是对这一命题中的三个关键词（“质测”、“通几”、“藏”）的解释不够深入，尤其是忽视了与该命题相关的“公心寓于独心”及“心不用而用小心”等说法，因而给人一种非常突兀的感觉。