方以智晚年罹遭“粤案”，在当时严酷的政治环境下，时人“咋舌摇手，如疫疠猛火不敢近”[1]，有清一代学者多避而不称其说，其学亦不能流传于后。从《明儒学案》一直到《汉学师承记》、《宋学渊源录》以及《清学案小识》、《清儒学案》，都没有他的名字。当然，方以智的哲学著作不得其传，与其“卮之、寓之，支离连犿”[2]的用语，亦存在直接的关系。特别是在中年以后，方以智著书好禅语、庄言，且会通《易》之旨，读者多不解。方中通哀述其父方以智曰：“异类中行，原非获己。行者固难，知者亦不易。”[3]不仅如此，其著还多立寓言、巧说，难辨虚实，友人张自烈说：“余自信知宓山者，卒亦未能尽知，以其寓而不有也。”[4]诸多原因终致方以智的思想及著作在其死后的三百多年时间内长期湮没不显。经侯外庐、李学勤先生的努力，《东西均》于1962年得以行世，方以智的哲学思想也同时受到了学界的广泛关注。余英时先生曾简要地概括了三百多年来学术界对方以智思想发掘的发展过程，他说：“密之著述等身，其传世者以《通雅》五十二卷、《物理小识》十二卷、《药地炮庄》九卷为最有名。其中《通雅》一书尤为学者所称道，四库馆臣至谓其开顾炎武、阎若璩、朱彝尊辈考证之先河。近五十年来，西学大盛于中土，密之因与明末耶稣会传教士极有渊源，故其著作中涉及自然科学与音韵学之部分复备受世人之重视。自1962年密之遗稿《东西均》行世，世之治密之之学者又转其注意力于密之之哲学思想焉。”[5]
方以智哲学思想受到重视虽然只是近五十年的事，但已经取得了可喜的成果[6]，主要体现在以下几个方面（单篇论文除外）：第一，在对方以智著作的整理和注释方面，除了上述提到的由李学勤先生点校的《东西均》（后附《象环寤记》）之外，庞朴先生于此贡献最大。庞朴先生的《〈东西均〉注释》于2001年由中华书局出版，其意义在于，该著首次打破了方以智“寓而不有”的语言坚冰。接着，庞先生的《〈一贯问答〉注释》在2006年分别于《儒林》第一辑、第二辑连续刊出。这次虽然不是以单行本的形式出版面世，但相对此前《一贯问答》仅以手写本的形式沉睡于博物馆来说，其意义远远超出《〈东西均〉注释》。另外，由张永义教授、邢益海博士点校的《药地炮庄》，以及张永义教授校注的《青原志略》，分别由华夏出版社于2011年、2012年刊出，此乃二著首次以单行本的形式与读者会面。以往难得一见的珍贵资料，如《药地炮庄》之“总论”及“历代序跋”，得以全貌以飨读者。第二，研究方以智思想的专著。（1）蒋国保先生的《方以智哲学思想研究》于1987年由安徽人民出版社发行。此著力求以一定的方法论原则为指导来探求方以智思想发展的内在逻辑，并提出了许多独特观点与看法。为完成此著，蒋教授“先后手抄了他的论著计百余万字，并且手抄了其祖、父以及师、友、子的著作计四十余万字，还对其主要的哲学著作《东西均》作了逐字逐句的注释”[7]。（2）张永堂先生的《方以智的生平与哲学思想》于1999年由台湾商务印书馆出版。此著认为方以智“继承曾祖父方学渐‘藏陆于朱’”的思想又具有“三教合一”之目的，只是结论太多，缺少必要的深入分析。（3）罗炽先生的《方以智评传》于2001年由南京大学出版社出版。全书以明清之际“天崩地坼”的历史大背景以及方以智坎坷的人生经历为基础，深入地透析了他的三教观、会通古今中西的治学方法，并对其哲学、史学、考据学和文学、艺术等方面进行了全面细致的阐述，展示给读者一个鲜活的、立体的方以智全貌。（4）2004年由三联书店出版的余英时先生所著的《方以智晚节考》（增订版）。余英时先生在海外史料不足的情况下广收博稽，“考密之晚节先后十有余年”[8]。其间余先生几易其说，许多方以智晚年隐晦不彰的事迹得以明朗化。除此之外，另有彭迎喜的《方以智与〈周易时论合编〉考》（中山大学出版社，2007）以及钱王刚先生的《方以智传》（安徽人民出版社，2008）。第三，研究方以智思想的博士论文。（1）谢仁真教授的《方以智哲学方法学研究》（台大哲学研究所，1995）；（2）周勤勤教授的《方以智“均的哲学”研究》（中国社会科学院研究生院，2003）；（3）刘贻群的《方以智〈东西均〉思想研究》（武汉大学，2006）；（4）彭战果的《方以智儒佛道三教会通思想研究》（山东大学，2009）。北京大学周锋利博士、中山大学邢益海博士亦致力于方以智哲学思想的研究。除此之外，还有美国彼德逊教授的《方以智：西学与格物》（Fang I Chih:Western Learning and the Investigation of Things, 1975）及《匏瓜：方以智与对思想革新之冲动》（Bitter Gourd：Fang I Chih and the Impetus for Intellectual Change,1979）。遗憾的是，笔者至今无从得见彼德逊教授的著作。王煜先生的《读方以智〈东西均〉》一文后附有对彼德逊教授《匏瓜》一著的详细介绍。