研究方法的简单化，必然导致思想家所关心的某些重心很难进入研究者的视域，或以一种变形的样式成为研究对象。如果不能另辟新的研究方法，就很难突破既定的研究典范，更谈不上深化既有的研究成果。目前能够深透方以智“善巧而理数之”之“善巧”，对方以智建立在超越的、普遍的“公心”、“公性”基础上的“道寓于艺”、“质测即藏通几”等思想的深入探究不多见。有些文章即使涉及了“心”与“性”，也是基于“认识论”的研究需要，从而忽视了对作为价值根源的超越“公心”与“公性”的研究。这种现状皆因目前学界多采用相同的研究典范，以致许多文章的内容与说法并无实质性的区别。
笔者认为，除了继续推进侯外庐、冒怀辛、庞朴、罗炽、蒋国保等先生们的研究成果之外，我们还需要借鉴熊十力、牟宗三等先生的治学方式、方法。这不是一个谁是谁非的问题，而是为了共同的目的所采用的不同的治学方法与考量视角。
熊、牟二先生并没有对方以智的思想做过专门的研究，尤其是牟宗三先生从未提及过方以智及其学。熊十力先生亦只是“常闻”而已，他说：“常闻明季哲人方密之遗书，谓中学长于通几，西学长于质测。通几由修养而得，质测乃知识所事，其与吾侪今日之论，犹一辙也。”[1]熊、牟二先生对中国哲学问题的思考，可以为我们研究方以智的思想提供诸多启示，如熊先生以为“一”为体，“二”为用，“三是包含一和二”的“全体大用”[2]，以及称本体为“轮尊”或“恒转”的观点。我们不能说熊先生这种说法就与方以智的“一在二中”或“举一明三”，并且“一”就是“轮尊”的说法完全“犹一辙”，但我们却可以思考这样的问题：熊先生为何不以为自己在讲辩证法呢？或当代新儒家们或治新儒家之学的学者们就不以其为辩证法呢？再如，牟先生对程明道“天人本无二，不必言合”的思想有过独特精深的研究，而方以智“以上贯下”之天人一本的思想，或多或少地继承了程明道所阐义理，我们为何要无视牟先生的研究方法呢？